IIT 回输批次工艺数据汇总分析
异体 31 批(基因编辑 UCART)自体 37 批(慢病毒 CAR/STAR-T)YTS109 工艺批 19 批
1
数据概览
68
总批次
31 / 37
异体 / 自体
4.0x / 12%
109/209 净产出倍数中位 / 累积回收率中位
≥99.8%
109 阴选后纯度(全部批次)
11.25x
激活双阳<20% 批次的最大扩增
| 项目线 | 类型 | 批次数 | 总扩增倍数范围 |
|---|---|---|---|
| YTS109 IIT | 异体 | 9 | 50.0–103.8 |
| YTS109 非临床+临床拟用 | 异体 | 10 | 64.8–121.4 |
| YTS209 | 异体 | 2 | 74.7–75.0 |
| YTS109 301医院(早期) | 异体 | 4 | 1.1–16.3 |
| YTS102 肝癌 | 自体 | 10 | 9.9–260.4 |
| YTS102 胃癌 | 自体 | 9 | 2.5–44.0 |
| YTS104 AML | 自体+异体供者 | 13 | 0.2–50.9 |
| YTS108 MM | 自体 | 7 | 5.2–31.2 |
| YTS208 MM | 自体 | 1 | 9.2–9.2 |
| YTS105 MSLN | 自体 | 1 | 12.1–12.1 |
| YTS001 北肿注册 | 自体 | 1 | 4.9–4.9 |
| YTS001 北肿IIT | 自体 | 1 | 14.7–14.7 |
2
YTS109 工艺收敛路径(19 批)
激活时间 65h→44h、Cas9 5000→约 2000 pmol、MOI 50000→40000,批间波动收窄,同供者重复批一致性好。但注意:电转后扩增倍数的上升(中位 88.8x→110.3x)不等于工艺优化——高倍数部分来自进入培养的起始细胞更少,真实产出要看净产出倍数(见第 3 节)。
同供者重复批一致性:YB3235 四次总扩增 75.9/66.5/76.4/74.7;YB3366 两次 105.0/98.9。
2024早期(5基因,65h激活)2024末–2025(3–5基因,44–49h)2025Q4–2026(GMP阶段,4基因固定)! = 有异常标注
柱高=电转后扩增倍数(Dn/电转);横轴按时间顺序,标*为非临床供试品批
| 阶段 | 激活时间 | Cas9(pmol) | AAV MOI | 编辑策略 | 电转后扩增范围 | 培养体系 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2024早期(3批) | ~65 h | 5000–5171 | 50000 | 5基因 | 57–89 | T-vivo |
| 2024末–2025初(3批) | 44–49.5 h | 800–2000(+2000) | 50000 | 3–4基因 | 69–132 | T-vivo+MACS(1:1) |
| 2025中(3批) | 44–46 h | 1750–2625 | 50000→40000 | 4–5基因 | 86–99 | T-vivo+MACS(1:1) |
| 2025Q4–2026Q2(10批,含GMP) | 44–46 h | 1200–2125 | 40000 | 4基因(8:7:18:x) | 84–147 | T-vivo+MACS(1:1) |
3
表观扩增 vs 净产出:倍数高 ≠ 工艺好
109/209 各批表观扩增(Dn/D0,D0 为激活后投入培养的 2.5–4E8 细胞)50–121 倍;把分母换成初始投入量中的 CD3 含量后,真实总扩增(收获细胞 ÷ 起始T)中位数只有 9.2 倍(4.4–20.5 倍),再扣除阴选和原液损耗,净产出(终产品 ÷ 起始T)中位数 4.0 倍(1.5–8.4 倍),步骤累积回收率中位 12%(6.3%–23.8%)。产品是"少量细胞、高代次扩增"做出来的:电转后 5.8–7.2 次倍增。T 细胞不是越多越好,代次推高意味分化和耗竭风险累积,工艺优化的目标应从"提高扩增倍数"转向"提高步骤回收率"。
损耗点排序:富集回收率 20–48%(最大)> 阴选回收率 40–59% > 原液收率 65–95%。典型对照:T20241203 表观 96.9 倍、净产出仅 1.5 倍;T20251001 表观 105 倍、净产出 7.7 倍——单看扩增倍数会得出相反结论。
| 批号 | 起始T(E8) | 终产品(E8) | 表观扩增 | 总扩增-CD3折算 | 净产出倍数 | 电转后Doublings | 富集回收 | 阴选回收 | 原液收率 | 累积回收率 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| T20240117-109 | 6.77 | 20.57 | 103.8 | 7.9 | 3.0 | 6.3 | 22.0% | 40.7% | 94.9% | 7.0% |
| T20240203-109 | 7.63 | 41.61 | 89.0 | 14.3 | 5.5 | 6.5 | 34.2% | 45.9% | 83.1% | 10.8% |
| T20240301-109 | 9.34 | 23.50 | 55.3 | 5.1 | 2.5 | 5.8 | 25.0% | 57.1% | 86.7% | 12.0% |
| T20241203-109 | 14.69 | 22.20 | 96.9 | 4.4 | 1.5 | 6.8 | 37.6% | 47.9% | 72.5% | 11.7% |
| T20250306-109 | 11.11 | 38.70 | 50.0 | 8.1 | 3.5 | 6.1 | 40.0% | 52.4% | 82.3% | 15.5% |
| T20250501-109(非临床供试品) | 4.87 | 19.76 | 91.1 | 9.6 | 4.1 | 7.0 | 38.0% | 53.9% | 78.1% | 14.9% |
| T20250602-109 | 15.54 | 29.74 | 75.9 | 5.8 | 1.9 | 6.5 | 36.1% | 46.3% | 71.6% | 12.4% |
| T20250801-109 | 14.32 | 64.62 | 66.5 | 8.7 | 4.5 | 6.4 | 44.5% | 59.3% | 87.1% | 23.8% |
| T20250901-109 | 3.14 | 26.21 | 83.1 | 32.2 | 8.4 | 6.6 | 42.9% | 39.8% | 65.2% | 10.9% 起始CD3数据错位,净产出被高估 |
| T20251001-109 | 9.23 | 70.92 | 105.0 | 20.5 | 7.7 | 7.0 | 27.9% | 50.1% | 74.9% | 9.1% |
| T20251004-109 | 11.90 | 71.08 | 94.3 | 13.9 | 6.0 | 6.7 | 37.0% | 53.5% | 80.0% | 14.1% |
| T20251101-109 | 13.24 | 78.51 | 121.4 | 14.0 | 5.9 | 7.2 | 39.4% | 53.5% | 78.9% | 15.0% |
| T20251105-109 | 12.89 | 57.66 | 118.1 | 12.5 | 4.5 | 6.9 | 48.3% | 47.5% | 75.4% | 16.0% |
| T20260201-109 | 10.07 | 34.51 | 64.8 | 9.0 | 3.4 | 6.4 | 40.0% | 52.3% | 73.0% | 13.1% |
| T20260203-109 | 9.08 | 26.14 | 91.2 | 8.7 | 2.9 | 6.8 | 27.9% | 48.7% | 67.6% | 10.0% |
| T20260301-109 | 9.33 | 34.65 | 98.9 | 9.2 | 3.7 | 6.8 | 28.9% | 54.9% | 73.3% | 10.2% |
| T20260303-109 | 11.66 | 71.64 | 76.4 | 11.7 | 6.1 | 6.5 | 34.1% | 76.9% | 68.5% | 15.2% |
| T20260409-109 | 7.23 | 28.69 | 72.1 | 9.3 | 4.0 | 6.5 | 19.6% | 53.4% | 79.7% | 6.3% |
| T20260501-109 | 9.54 | 56.46 | 118.1 | 15.7 | 5.9 | 7.2 | 31.7% | 50.0% | 75.2% | 9.3% |
| T20260103-209a | 24.22 | 49.95 | 74.7 | 5.7 | 2.1 | 6.4 | — | 50.0% | 72.4% | — |
| T20260405-209 | 13.83 | 38.99 | 75.0 | 7.5 | 2.8 | 6.1 | — | 57.5% | 65.2% | — |
算法:起始T = 初始投入细胞数 × 其中CD3%;总扩增-CD3折算 = 收获时总细胞数(阴选投入) ÷ 起始T;终产品 = 阴选投入 × 阴选回收率 × 原液收率;净产出 = 终产品 ÷ 起始T;累积回收率 = 复苏回收率 × 富集回收率 × 阴选回收率 × 原液收率(209 两批缺复苏回收率分项,未计)。T20250901 起始 CD3 存在数据错位,折算倍数与净产出均被高估。
对工艺评审口径的影响
① 批间比较改用净产出倍数 + 累积回收率,不用表观扩增倍数;② 富集和阴选是两个最大损耗点,回收率每提高 10 个百分点约等于终产品翻倍路径上少一次倍增;③ 变更批 T20260409 累积回收率 6.3% 全表最低,与金斯瑞磁珠富集回收率 0.196 直接相关;④ 外籍供者批净产出 2.9 倍,低起始 CD3(38.3%)沿流程逐级放大损失。
4
自体 vs 异体:起始材料决定扩增
异体(UCART/供者)自体(患者)
X=电转/转染前 CD25+CD69+ 双阳%;Y=总扩增倍数(对数轴);58 个数据点
激活双阳<20% 的 7 个批次,扩增全部 ≤11.25 倍;双阳 ≥60% 的批次扩增中位数 32.1 倍。电转/转染前 CD25/CD69 是最有效的前置预警指标,建议纳入正式 IPC 放行门槛(自体批次尤其需要)。
异体批扩增中位数 50.9 倍(收敛后 65–147 倍);自体批中位数 15.6 倍,跨度 0.24–260 倍,批间差异完全由患者起始 T 细胞质量主导。104 AML 同一患者:患者细胞 0.24 倍 vs 供者细胞 50.85 倍(同工艺同病毒)。
5
培养体系与培养容器
培养基三代演进:X-Vivo15+IL-2(2023 早期 102 肝癌)→ X-Vivo15/MACS + IL-7/15/21(2023 中起自体全线)→ T-vivo+MACS(1:1) + IL-7/15/21(109 异体 GMP 阶段固化)
102 肝癌同一项目内:IL-2 时代 4 批扩增中位数 21.7 倍,换 IL-7/15/21 后 6 批中位数 58.4 倍。但同期 MOI 从 1.2–1.5 降到 0.6–1.0、容器从 G-Rex 换成生物反应器,三个变量同时变化,不能全记在培养基上。
| 培养体系 | 项目线 | 批次数 | 扩增中位数 | 扩增范围 |
|---|---|---|---|---|
| X-Vivo15 + IL-2 | YTS102 肝癌 | 4 | 21.7 | 9.9–41.9 |
| X-Vivo15 + IL-7/15/21 | YTS001 北肿IIT、YTS001 北肿注册、YTS104 AML、YTS105 MSLN | 16 | 16.9 | 0.2–50.9 |
| X-Vivo15 + IL-7/15/21 + 3%SR | YTS109 301医院(早期) | 1 | 16.3 | 16.3–16.3 |
| X-Vivo15 + IL-7/15/21 + 3%SR + NAC | YTS108 MM | 5 | 13.1 | 10.7–31.2 |
| MACS + IL-7/15/21(±5%SR) | YTS102 肝癌、YTS102 胃癌 | 15 | 22.7 | 2.5–260.4 |
| T-Vivo + IL-7/15/21 | YTS108 MM、YTS109 301医院(早期)、YTS208 MM | 6 | 6.9 | 1.1–25.9 |
| T-vivo + IL-7/15/21 | YTS109 IIT | 4 | 86.0 | 55.3–103.8 |
| T-vivo+MACS(1:1) + IL-7/15/21 | YTS109 IIT、YTS109 非临床+临床拟用、YTS209 | 17 | 91.1 | 50.0–121.4 |
| 培养容器/方式 | 项目线 | 批次数 | 扩增中位数 | 扩增范围 |
|---|---|---|---|---|
| G-Rex 静态(100M/10M/多瓶) | YTS102 肝癌、YTS102 胃癌、YTS105 MSLN、YTS109 301医院(早期) | 11 | 12.1 | 1.1–260.4 |
| Xuri→G-Rex 分段 | YTS109 IIT | 3 | 89.0 | 55.3–103.8 |
| Xuri→Xuri 分段放大 | YTS109 IIT、YTS109 非临床+临床拟用、YTS209 | 18 | 87.1 | 50.0–121.4 |
| 生物反应器(摇摆)全程 | YTS102 肝癌、YTS102 胃癌、YTS104 AML、YTS108 MM、YTS208 MM | 33 | 19.2 | 2.5–106.2 |
| 静置+D5进Xuri | YTS001 北肿IIT、YTS001 北肿注册 | 2 | 9.8 | 4.9–14.7 |
| T型培养瓶 | YTS104 AML | 1 | 0.2 | 0.2–0.2 |
容器层面没有一致性劣势信号
G-Rex 静态组中位数偏低主要因为混入了 301 医院 4 批早期 UCART 小试(激活失败所致,与容器无关);剔除后 G-Rex 自体批次(102 肝癌 5 批、102 胃癌 1 批、105 1 批)中位数 30.1 倍,与生物反应器组自体批无数量级差异。102 胃癌唯一的 G-Rex 批(T20240401,G-Rex 100M×3)扩增 30.1 倍,为该项目第二高。109 线从"Xuri→G-Rex 后段静态"改为"全程 Xuri 分段放大"后,后段接种密度记录更完整(5.0E6–1.2E7/ml),该变化与激活缩短、Cas9 减量同步发生,属工艺包整体演进。
血清替代物/NAC 添加未挽救激活失败
108 MM 前 5 批加 3%SR + 3–5mM NAC,其中 T20240119/T20240206 激活双阳仍只有 9.1%/8.6%(T20240206 已换 T-Vivo 无 NAC),说明添加物无法补偿患者 T 细胞内在无反应性;激活失败应走中止/重采路径,而非配方加码。IL-7/15/21 全线使用, TIM-3 等耗竭表型风险需结合表型数据另行评估,本表未含该指标。
6
异体供者 HLA 公共表位分型(21 批 / 13 位供者)
13 位供者:Bw4/Bw6 杂合 2 例(YB3138、Y1684,均 2024 早期)、Bw4/Bw4 纯合 2 例(YB3153、YB3159)、Bw6/Bw6 纯合 9 例;C1/C2 杂合 5/11(YB3159、YB3235、YB3373、KHS054、D327937),其余 C1/C1;Bw4/Bw6 + C1/C2 双杂合供者 0 例。2025Q4 后 GMP 批供者全部为 Bw6/Bw6。
9 例 Bw6/Bw6 供者中 6 例携带 A*24(A*24 本身带 Bw4 表位,是 KIR3DL1 配体)。109 产品敲除 HLA-A 后,A*24 来源的 Bw4 随之消失;若四基因策略不含 HLA-B 编辑,则 Bw6/Bw6 供者的终产品不表达任何 Bw4,对 KIR3DL1+ 宿主 NK 存在 missing-self 攻击的理论窗口。供者库入库标准需回补 B 位点 Bw4 比例,并优先选 C1/C2 杂合。
| 供者 | HLA-A | HLA-B | HLA-C | Bw4/Bw6 | C1/C2 | 使用批次 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| YB3138 | 02:06,02:06 | 15:11,52:01 | 03:03,12:02 | Bw4/Bw6 | C1 | 1 批 |
| YB3153 | 02:01,24:02 | 15:18,38:01 | 08:01,12:03 | Bw4（A*24携带Bw4） | C1 | 1 批 |
| YB3159 | 24:02,24:02 | 15:18,27:05 | 02:02,08:01 | Bw4（A*24携带Bw4） | C1/C2 | 1 批 |
| YB3235 | 24:02,31:01 | 07:02,15:27 | 04:01,07:02 | Bw6（A*24携带Bw4） | C1/C2 | 6 批 |
| Y1684 | 02:06,11:02 | 27:04,39:01 | 07:02,12:02 | Bw4/Bw6 | C1 | 1 批 |
| YB3353 | 24:02,24:02 | 15:01,40:06 | 01:02,08:01 | Bw6（A*24携带Bw4） | C1 | 2 批 |
| YB3366 | 02:07,11:01 | 40:01,46:01 | 01:03,03:04 | Bw6 | C1 | 2 批 |
| YB3373 | 24:02,24:02 | 15:27,54:01 | 01:02,04:01 | Bw6（A*24携带Bw4） | C1/C2 | 1 批 |
| YB3365 | 24:02,31:01 | 15:02,40:06 | 08:01,08:01 | Bw6（A*24携带Bw4） | C1 | 1 批 |
| KHS054 | 11:01,24:02 | 15:01,35:08 | 04:01,07:02 | Bw6（A*24携带Bw4） | C1/C2 | 2 批 |
| D327937 | 03:01,68:01 | 15:30,35:03 | 01:02,04:01 | Bw6 | C1/C2 | 1 批 |
| YB3452 | 02:07,02:07 | 46:01,46:01 | — | Bw6 | 无HLA-C数据 | 1 批 |
| DZ253515 | 02:06,24:02 | 40:01,40:01 | — | Bw6（A*24携带Bw4） | 无HLA-C数据 | 1 批 |
与《细胞制备汇总》自带判定列的差异(建议回查该列维护规则)
- YB3153(B*15:18/38:01):汇总表标 Bw6/Bw4;B*15:18(B71/B70 组)与 B*38 均为 Bw4,应为 Bw4/Bw4
- YB3159(B*15:18/27:05):汇总表标 Bw6/Bw6;两个等位基因均为 Bw4,应为 Bw4/Bw4。其 HLA-C 02:02/08:01 标 C1/C1,C*02 为 C2,应为 C1/C2
- YB3353(B*15:01/40:06):汇总表标 Bw6/Bw4;两个均为 Bw6,应为 Bw6/Bw6(A*24 携带的 Bw4 会随 HLA-A 敲除消失,不能计入)。其 HLA-C 01:02/08:01 标 C2/C1,C*01 为 C1,应为 C1/C1
- YB3452、DZ253515(变更批两位供者)在制备汇总表中无分型记录,本分析沿用 IIT 回输表的 HLA-A/B,缺 HLA-C
- 104 AML 6 批供者来源批、301 医院 4 批无任何 HLA 分型记录,建议补全后并入
7
异常批次
YB3353 供者:两次使用两次异常
T20250901 批复苏活率 63.5%、复苏 CD3 18.9%(该列同时存在数据行错位);T20260201 GMP 批标注「批量未达标」,总扩增 64.8 倍、阴选投入 9.04E9 均为同期最低档。同一供者两次异常,倾向供者个体因素,建议不再入库。
自体患者细胞激活失败=制备失败
104 AML BR-01(患者):双阳 2.7%、扩增 0.24 倍;换同一患者供者细胞后同工艺扩增 50.85 倍。102 胃癌 T20240308:扩增 2.46 倍,未达剂量。108 MM T20240119/T20240206:双阳 9.1%/8.6%,扩增 11.25/5.16 倍。
变更批(金斯瑞磁珠)reg-KO 未达标
T20260409/T20260501 两批变更磁珠供应商后 reg-KO 未达标;T20260409 富集回收率 0.196 为全表最低。供应商变更前后可比性存疑。
外籍供者 D327937 起始质量偏低
T20260203:复苏 CD3 38.3%、富集后 CD3 80.2%,均为该阶段最低;复苏回收率 1.091(>1,计数或记录有误)。
阴选回收率离群
T20260303 阴选回收率 0.769,显著高于其余批次 0.40–0.59 区间;目标占比 0.153 并不高,建议回查该批计数口径。
8
阴选(TCRαβ 去除)环节 — YTS109 全部 19 批
纯度始终达标(≥99.8%),瓶颈在回收率:中位数 52.3%,区间 39.8%–59.3%(T20260303 离群 76.9% 除外)。目标细胞占比高(编辑差)时回收率被进一步压缩,编辑效率直接决定阴选收率。
| 批号 | 供者 | 阴选目标占比 | 阴选回收率 | 阴选后纯度 | 总扩增 |
|---|---|---|---|---|---|
| T20240117-109 | YB3138(LP240116B) | 29.4% | 40.7% | 100.0% | 103.8 |
| T20240203-109 | YB3153(LP240122B) | 32.0% | 45.9% | 99.9% | 89 |
| T20240301-109 | YB3159(LP240125A) | 23.2% | 57.1% | 100.0% | 55.3 |
| T20241203-109 | YB3235(LP240731A) | 21.4% | 47.9% | 100.0% | 96.9 |
| T20250306-109 | Y1684 | 25.9% | 52.4% | 100.0% | 50 |
| T20250501-109(非临床供试品) | YB3235(LP240731A) | 7.6% | 53.9% | 100.0% | 91.1 |
| T20250602-109 | YB3235 | 17.0% | 46.3% | 99.9% | 75.9 |
| T20250801-109 | YB3235 | 18.8% | 59.3% | 100.0% | 66.5 |
| T20250901-109 | YB3353 | 34.1% | 39.8% | 100.0% | 83.1 |
| T20251001-109 | YB3366 | 23.4% | 50.1% | 100.0% | 105 |
| T20251004-109 | YB3373 | 23.2% | 53.5% | 99.9% | 94.3 |
| T20251101-109 | YB3365 | 16.0% | 53.5% | 99.9% | 121.4 |
| T20251105-109 | KHS054 | 20.9% | 47.5% | 99.8% | 118.1 |
| T20260201-109 | YB3353 | 18.1% | 52.3% | 100.0% | 64.8 |
| T20260203-109 | D327937(外籍) | 24.0% | 48.7% | 99.8% | 91.2 |
| T20260301-109 | YB3366 | 15.7% | 54.9% | 100.0% | 98.9 |
| T20260303-109 | YB3235 | 15.3% | 76.9% | 100.0% | 76.4 |
| T20260409-109 | YB3452 | 19.2% | 53.4% | 99.9% | 72.1 |
| T20260501-109 | DZ253515 | 26.6% | 50.0% | 99.9% | 118.1 |
| T20231114-109 | 08# | — | — | — | 16.3 |
| T20240112-109 | 10# | — | — | — | 4.5 |
| T20240122-109 | 11# | — | — | — | 1.1 |
| T20240205-109 | 11#(二次单采) | — | — | — | 8.7 |
9
数据质量问题(申报前需清理)
逐项清单
- YTS109 IIT 表 T20250901 列:复苏后 CD14 至孵育密度区域行错位("CD4CD8 Microbeads"出现在 CD14 行);PBMC 分离后 CD14=0.948 明显异常
- 复苏回收率>1:T20250602(1.037)、T20250801(1.035)、T20260203(1.091)
- 单位混用:小数(0.633)与百分数字符串("61.9%(复苏后)")并存
- 102 肝癌 T20230308-102-3 标注"使用 T20230308-102 批次 D3 离心换液后的细胞",批号溯源关系需在批记录闭环
- 108 MM T20240119 富集回收率 0.043,与同一患者前一批 0.491 差异 10 倍,建议回查原始记录
10
结论与建议
工艺层面
- 109 工艺收敛路径(激活 44h / Cas9 ~2000 pmol / MOI 40000 / 4基因 / T-vivo+MACS(1:1)+IL-7/15/21 / 全程 Xuri 分段放大)批间一致性支持固化;但评审口径应从表观扩增倍数改为净产出倍数+累积回收率(现净产出中位仅 4.0 倍、累积回收 12%)
- 工艺优化优先级:富集回收率(0.20–0.48,最大损耗点)> 阴选回收率(0.40–0.59)> 原液收率;靠提高回收率增加产出,而不是靠拉高扩增代次(现电转后 5.8–7.2 次倍增,代次推高即分化/耗竭风险累积)
- 电转/转染前 CD25+CD69+ 双阳比例建议设为 IPC 放行指标:双阳 <20% 时扩增全部 ≤11.25 倍,自体批次建议设中止/重采决策点
- 阴选后纯度全部 ≥99.8%,该环节无需优化;提升收率的关键在上游编辑效率(降低目标细胞占比)
供者/变更管理
- YB3353 两次使用两次异常,建议移出入库供者名单
- 供者库 Bw4 比例需回补:13 位分型供者中 B 位点 Bw4/Bw6 杂合仅 2 例,GMP 阶段供者全部 Bw6/Bw6;Bw4/Bw6+C1/C2 双杂合 0 例,入库标准需同时卡 Bw4 与 C1/C2
- 磁珠供应商变更(金斯瑞)两批 reg-KO 未达标 + 富集回收率异常,变更可比性研究需补齐
- 外籍供者 D327937 起始 CD3 偏低(38.3%),外籍供者入库建议增加起始表型门槛复核